Desde su puesta en marcha, el Centro del Agua ha venido estableciendo una serie de vínculos con organismos de cooperación y otras instituciones internacionales, a través de la firma y puesta en marcha de convenios de cooperación.

Estos acuerdo han fortalecido las capacidades del Centro en cuanto a sus actividades internacionales, tales como la organización de talleres, cursos, seminarios y el desarrollo de líneas de investigación en torno al agua y la conservación de suelos en zonas áridas.

Entre los acuerdos suscritos a la fecha, destacan los convenios con:

• UFZ , Alemania
• Universidad de Leipzig, Alemania
• Universidad de Bochum, Alemania
• Universidad de Ben-Gurion y el Institute for Water Sciences and Technologies (IWST), de Israel
• La Universidad de Gante de Flandes, Bélgica
• Universidad Nacional Experimental “Francisco de Miranda”, Venezuela
• Universidad Nacional del Centro de la Provincia de Buenos Aires, Argentina
• Colegio de Postgraduados de México
• Universidad de Waterloo de Canadá (En proceso)
• Instituto Mexicano de Tecnología del Agua (En proceso).
• Convención de las Naciones Unidas de Lucha Contra la Desertificación (En proceso